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利用一些生物及其產生的物質來殺滅或清除病原微生物的方法、降低使用環境的PH值。例如：傳統的污水凈化可通過缺氧條件下厭氧微生物的生長來阻礙需氧微生物的存活；糞便、垃圾的發酵堆肥，可利用嗜熱細菌繁殖時產生的熱殺滅病原微生物；一般的病原微生物都是喜歡微堿性環境，而運用生物消毒能夠使環境降低PH值，變成有害微生物不適宜環境，從而達到生物消毒的目的。

自然界中一些生物能夠對某些有害微生物起到抑制或者殺滅作用，而又不對環境產生任何持續性的破壞作用。

生物消毒法主要用于水、土壤和生物體表面消毒生物處理。

目前，可用作消毒的生物有以下幾種：

1．抗菌生物植物為了保護自身免受外界的侵襲，特別是微生物的侵襲，產生了抗菌物質。并且隨著植物的進化，這些抗菌物質就愈來愈局限在植物的個別器官或器官的個別部位。能抵制或殺滅微生物的植物叫抗菌植物藥。目前實驗已證實具有抗菌作用的植物有130多種，抗真菌的有50多種，抗病毒的有20多種。有的既有抗菌作用，又有抗真菌和抗病毒作用。中草藥消毒劑大多是采用多種中草藥提取物，主要用于空氣消毒、皮膚黏膜消毒等。 

2．細菌當前用于消毒的細菌主要是噬菌蛭弧菌。它可裂解多種細菌，如霍亂弧菌、大腸桿菌沙門氏菌等，用于水的消毒處理。此外，梭狀芽孢菌、類桿菌屬中某些細菌，可用于污水、污泥的凈化處理。

3．噬菌體和質粒一些廣譜噬菌體，可裂解多種細菌，但一種噬菌體只能感染一個種屬的細菌，對大多數細菌不具有專業性吸附能力，這使噬菌體在消毒方面的應用受到很大限制。細菌質粒中有一類能產生細菌素，細菌素是一類具有殺菌作用的蛋白質，大多為單純蛋白，有些含有蛋白質和碳水化合物，對微生物有殺滅作用。

4．微生物代謝等產物一些真菌和細菌的代謝產物如毒素，具有抗菌或抗病毒作用，亦可用作消毒或防腐。

5．生物酶生物酶來源于動植物組織提取物或其分泌物、微生物體自溶物及其代謝產物中的酶活性物質。生物酶在消毒中的應用研究源于20世紀70年代，我國在這方面的研究走在世界前列。20世紀80年代起，復旦大學生命科學院就研制出用溶葡萄菌酶來消毒殺菌技術。90年代，中國高科集團上海高科生物公司從復旦大學獨家受讓這一技術，并經過10應用開發，先后解決了酶的穩定性、提高純度和降低成本等工藝難題，開拓了生物酶用于日常消毒領域的廣闊前景。這種用復合酶來消毒殺菌的生物消毒技術，已在上海實現了產為化。近年來，對酶的殺菌應用取得了突破，可用于殺菌的酶主要有：細菌胞壁溶解酶、酵母胞壁溶解酶、霉菌胞壁溶解酶、溶葡萄菌酶等，可用來消毒污染物品。此外，出現了溶菌酶、化學修飾溶菌酶及人工合成肽抗菌劑。 

總體而言，綠色環保的生物消毒技術在水處理領域的應用前景廣闊，研究表明生物消毒技術可以在很多領域發揮作用，如用于飲用水消毒、污水消毒、海水消毒和用于控制微生物污染的工業循環水及中水回用等領域。

生物消毒技術雖然目前還沒有廣泛應用，但是作為一種符合人類社會可持續發展理念的綠色環保型的水處理消毒技術，它具有成本相對低廉、理論相對成熟、研究方法相對簡單的優勢，故應用前景廣闊。

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